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二氧化氯作为一种替代氯的消毒剂，其灭活病毒的作用强于或与氯相仿。其受ｐＨ影响与氯不同，一般认为在ｐＨ值高时其灭活效果更好；不受氨的影响，亚硝酸盐对其消耗较大，不同的病毒种属对其耐性也不同，与氯联合使用可能存在协同消毒作用。二氧化氯灭活病毒的机理，有报道认为作用于核酸，也有报道作用于病毒外壳蛋白，还有其它的一些报道，但都没有最后确定。