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近年来,科研经费占医院资金的比重逐年增加,医院财务部门在贯彻落实政府会计制度过程中,科研经费的会计核算是一大难点。作者从公立医院科研经费会计核算的特点出发,就政府会计制度实施后,医院科研经费会计核算实操层面科研收入确认方法的选择、科研项目辅助核算的设置、科研资金购置固定资产的核算三个难点问题进行了探讨,提出新建科研项目“以支定收”,预算会计按项目设置辅助核算,固定资产按资金来源设置明细会计科目的会计核算建议,以解决科研经费核算难点。