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在真核基因中，组蛋白会发生多种共价修饰，其中组蛋白的甲基化在表观遗传学中起重要作用。不同的甲基化位点产生不同的作用机理，组蛋白H3K9的甲基化与异染色质形成、基因沉默有关；组蛋白H3K4的甲基化与基因转录激活有关：组蛋白H3K36的甲基化与RNAPⅡ有一定的关系。最近首次报道了组蛋白甲基化的可逆性，并发现组蛋白去甲基酶：LSD1和含有Jmjc域的组蛋白去甲基酶。这些去甲基酶可使不同程度甲基化的组蛋白H3K4、K9、K36去甲基化，同时与基因转录存在联系。