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万华岩地区碳酸盐岩中普遍发育的非碳酸盐岩夹层，以及“土层＋裂隙层”表层岩溶带双层结构对岩溶动力系统和水循环具有显著影响：非碳酸盐岩地段的地下水因其矿化度较低，CO2含量较高，而具有较强的侵蚀、溶蚀能力，导致岩溶动力系统的物质和能量传输非常活跃，一个岩溶泉年溶蚀量（以CaCO3计）达2795.4kg；由于非碳酸盐岩夹层的普遍存在，不仅阻碍地下水向深循环，而且还有利于土壤、植被的发育。土壤、植被与地表岩溶裂隙网络对区内岩溶地下水还具有较好的调蓄作用，以致使区内有众多的小泉点地表出露。