为了探究化肥减量配施有机肥对热带地区蔬菜轮作土壤细菌、真菌和古菌群落组成和结构的影响，在海南省文昌市开展田间定位试验，采用宏基因组测序技术分析不同施肥方式下土壤细菌、真菌和古菌群落结构和组成的变化特征，并结合土壤理化性质，探究不同施肥处理下驱动细菌、真菌和古菌群落变化的关键土壤环境因子。结果表明：与全量化肥配施有机肥 （M100NPK）相比，化肥减量75%配施有机肥 （M75NPK）提高了土壤SOM、TN、NH4+-N和NO3--N的含量，化肥减量50%配施有机肥 （M50NPK） 处理提高了土壤TK和AK的含量。三种施肥处理 （M50NPK、M75NPK和M100NPK） 显著增加了土壤细菌、真菌和古菌群落的丰度。与M100NPK处理相比，M50NPK和M75NPK增加了细菌群落主要优势菌门中变形菌门（Proteobacteria）和酸杆菌门（Acidobacteria）的相对丰度，而降低了放线菌门（Actinobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）的相对丰度，同时也增加了真菌群落主要优势菌门中担子菌门（Basidiomycota）的相对丰度；降低了子囊菌门（Ascomycota）的相对丰度；古菌群落主要优势菌门中奇古菌门（Thaumarchaeota）的相对丰度在M75NPK处理呈现增加趋势，在M50NPK处理呈现降低趋势。与不施肥 （CK） 处理相比，M50NPK、M75NPK和M100NPK增加了土壤细菌和真菌的Shannon指数和Ace指数，而降低了土壤细菌和真菌的Simpson指数，同时也增加了土壤古菌的Simpson指数，但降低了土壤古菌的Shannon指数和Ace指数。可是施肥处理之间Alpha多样性均无显著性差异。土壤细菌、真菌和古菌群落结构组成对不同化肥减量配施有机肥的响应无显著性差异。土壤pH、TP、TN、SOM和AK是导致细菌、真菌和古菌群落结构变化的主要驱动因子。研究结果表明，与M75NPK和M100NPK相比，M50NPK不会改变土壤性质、微生物群落多样性和结构，但可降低过量化肥施用可能带来的环境风险。因此，M50NPK是热带地区蔬菜种植的优化施肥方式。