科研院所的科技自主创新能力是推动国家科技进步和经济发展, 应对国际经济危机的主要动力, 创建科学、完善的科技创新能力评价方法有助于提升科研院所科技创新能力, 并为国家制定科技创新决策提供参考依据。本文基于鹰鸽量子博弈理论, 提出了一种评价科研院所自主创新能力的方法。介绍了量子博弈论的各基本要素在科技自主创新体系中所对应的物理内涵, 根据鹰鸽量子博弈理论建立了科技自主创新能力评价模型, 分析了纠缠度与收益矩阵之间的关系, 确立了依靠各参与者在鹰鸽量子博弈中的纠缠度来表征科技自主创新能力的方法。给出了科研院所科技自主创新能力的量子博弈论解释, 构建了科技自主创新能力评价指标体系, 并确定了评价的合成计算方法, 即量子纠缠度的计算方法。最后, 以中科院部分研究所为实例进行了科技自主创新能力的评价, 并利用主成份分析法和中物院的简单统计方法对得到的数据进行了对比分析, 结果证明了提出的方法合理且有可操作性。