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随着我国政府部门职能转变、政务公开等工作的不断强化,政府会计制度不断改革和创新。本文通过分析高校会计制度下科研经费会计核算存在的收入确认不合理、混合成本难以分开、固定资产未计提折旧的问题,总结对比新政府会计制度在科研经费收入确认、计提项目间接费用或管理费用、购进固定资产的会计核算改变,探讨了在实施过程中存在的难点并提出建议。