【目的】探究日粮添加不同共轭亚油酸（Conjugated linoleic acid，CLA）异构体对小鼠体脂、能量代谢和肠道微生物的影响。【方法】用普通日粮（对照组）、普通日粮添加质量分数为2%的顺9反11共轭亚油酸（c9， t11-CLA）或反10顺12共轭亚油酸（t10， c12-CLA）分别饲喂小鼠12周，检测小鼠脂肪含量、能量代谢和肠道微生物的变化。【结果】与对照组相比，c9， t11-CLA和t10， c12-CLA组小鼠体质量分别降低了22.79%和25.04%，脂肪含量分别降低了57.98%和59.41%，小鼠皮下、附睾白色脂肪以及褐色脂肪含量也显著降低。此外，c9， t11-CLA和t10， c12-CLA均显著提高小鼠耗氧量和产热量；其中t10， c12-CLA显著降低小鼠夜间的呼吸交换率。16srRNA测序结果显示，3组小鼠的肠道微生物存在明显的分离，c9， t11-CLA和t10， c12-CLA组小鼠肠道中与机体代谢相关的菌群丰度显著高于对照组，且t10， c12-CLA能促进与脂质代谢相关的菌群丰度上调。在门水平，c9， t11-CLA和t10， c12-CLA组厚壁菌门和放线菌门相对丰度显著上调，拟杆菌门和疣微菌门相对丰度显著下调；在属水平，与对照组相比，c9， t11-CLA组双歧杆菌属相对丰度显著上调，Ileibacterium和Akkermansia相对丰度显著下调。【结论】日粮添加c9， t11-CLA或t10， c12-CLA，可显著降低小鼠脂肪沉积，而这可能与CLA促进机体能量代谢和改变肠道微生物有关。