目的对上海市浦东新区2011—2016年引起聚集性手足口病的肠道病毒进行分子流行病学特征分析,了解浦东新区手足口病病毒流行规律,为浦东新区手足口病的防控提供实验室依据。方法 2011—2016年,对1 489例聚集性或暴发样本采用荧光定量PCR进行病毒核酸分型检测,对核酸阳性样本进行分离培养。从性别、年龄、时间分布等方面进行分析比较,同时对肠道病毒VP1区基因进行DNA测序和分子进化树分析。结果 1 489例样本中共检出肠道病毒核酸阳性736例,其中EV71型232例(15.58%)、CA16型290例(19.48%)、CA6型100例(6.72%),CA10型5例(0.34%),未分型109例(7.32%)。2011年以EV71为主,占67.42%,2012、2015和2016年均以CA16为主,分别占50.40%、49.61%、70.00%,2013年和2014年除CA10外,各型别均占17%以上。CA6构成从2012年的9.30%快速上升至2015年的22.48%。肠道病毒阳性男女性别比为1.59∶1,主要集中在<5岁的年龄组中,占84.65%。夏季4—6月为EV71和CA16感染的高峰期,而冬季11—12月为CA6感染的高峰期。病毒VP1区基因序列分析结果显示,EV71病例均属于C4a亚型,CA16病例属于B1亚型,CA6病例属于第3簇。结论 2011—2016年集聚性手足口病疫情以EV71型和CA16型为主,其次是CA6型,男性发病高于女性,<5岁人群高发,EV71和CA16感染高峰期为夏季4—6月,EV71和CA16与国内流行的基因亚型一致,CA6从2012年开始呈现流行。