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通过对日本沼虾（Macrobrachium nipponense）3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定，得到长度为495bp的片段，其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28．6％、36．1％、22．7％和12．5％，AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16S rRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小，在3个群体中只有5个位点发生转换。另外，利用其454bp的同源序列，以中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾（M