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临床菌株分子检测技术发展迅速。实时荧光定量PCR的应用已较为成熟;基因芯片、多重基因遗传信息表达分析系统对部分菌株耐药基因检测的方法已经建立;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术在菌株蛋白质分子及单核苷酸突变检测方面有独特优势;最新一代DNA测序技术在简化实验流程的同时大幅削减成本,其应用可能为临床菌株鉴定及其耐药性检测带来新的革命。该文对上述几种分子检测技术在临床菌株耐药检测方面进行介绍,为临床应用与研究提供参考。