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跨学科研究组织协同创新对于国家、社会和高校的发展具有重要意义。跨学科研究组织协同创新具有问题导向性、整体性、动态开放性、前沿创新性、跨越性和复杂性的特征,并能发挥促进基础理论与应用实践有机结合、提升高校自主创新能力和提高跨学科研究成果质量的功能。个体、组织与互动过程是影响跨学科研究组织协同创新发展的因素,因此需要从构建长效的决策机制与人才选拔体制、建立健全的组织文化机制与激励机制、构建完善的资源协同机制与信息沟通机制等方面着手构建跨学科研究组织协同创新的运行机制。