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转座元件是一类广泛分布于真核生物的可移动的遗传因子，可以引起基因重组和变异，在物种进化及遗传改良中起着重要作用。针对近年来原生动物全基因组序列中大量发现的转座元件，文章着重比较了转座元件在锥虫、利什曼虫、微孢子虫、变形虫和滴虫基因组序列中的存在种类、分布特征及其功能意义。原生动物转座元件以LINE和SINE为主，其次是DNA转座元件和LTR反转座元件，部分转座元件在高A＋T含量区富集，预示着转座元件与基因组序列A＋T含量有着紧密联系。根据不同种微孢子虫基因组之间转座元件的差异，推测在微孢子虫基因组进化过程