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公共支出绩效评价的难点在于在深刻领悟其基本内涵的基础上设计出一套科学公正的指标体系。绩效的科学度量是保证公共支出绩效评价目标实现的重要前提。基于公共支出的基本程序，设计出四类初始指标。即投入类指标、过程类指标、产出类指标和结果类指标。基于绩效的基本内涵设计出三类终极指标，即经济类指标、效率类指标和效果类指标。初始指标与终极指标共同构成对公共支出绩效进行评价的指标体系。