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税收协调对任何区域经济合作体都非常重要，海峡两岸经济发展的整体性和经贸合作关系的特殊性，更决定了其中的税收协调的重要性。由于历史因素，海峡两岸的税收制度是两岸分别按各自的法律规范制定的，有着明显的差异，税收政策选择也是各自根据政治经济要求而分别确定。经济发展整体性趋势，如建立两岸共同市场或建立两岸自由贸易区，都要求税收制度税收政策统一或一致，而现实中经贸合作的特殊性又决定不可能短时间合一，所以加强海峡两岸税收协调对坚持一国两制方针和促进两岸经贸合作发展非常重要，不仅有经济意义更有政治意义。
未来的几年中，海峡经贸合作发展将会有新的突破，但同时受制于政治因素，两岸税收制度向一致方向趋同可能会弱于经贸关系的热度。这样，为促进两岸经贸合作发展，协调两岸税收关系就不仅是重要，而且是非常迫切。
海峡两岸税收制度比较
海峡两岸的现行税种中，有不少在名称上或实质上相同，但这些税种两岸仍有异同。
（1）增值税与营业税。台湾将两种税合并成一种税，并称为营业税，同时对销售货物、劳务及进口货物课税，是将按增值额课税与按总额课税的混合。大陆是增值税与营业税分设税种。
（2）货物税与消费税。台湾的货物税与大陆的消费税相同，均是就少数特定产品课税，属选择性课税，但课税对象范围有所不同。台湾以水泥、饮料品、汽油、汽车、彩色电视机、平板玻璃等为对象；大陆则是以烟酒、化妆品、珠宝、汽油、汽车及鞭炮烟火等为对象。
（3）企业所得税。不同之处:一是税率不同。台湾为22%，税率较低；大陆为33%。二是适用不同税法。台湾不分内外资，所有企业均适用所得税法中的相同规定课税；大陆则内外资有别。三是对企业的税收优惠不同。台湾的税收优惠另有法律规定，以前是奖励投资条例，1991年起则称为促进产业升级条例，并都只考虑企业的注册地，而不论其资金来源；大陆则是对外资企业提供“两免三减半”的所得税优惠。四是台湾自1998年起实行两税合一，企业所缴纳的营利事业所得税，可供企业股东或资本主用以抵扣综合所得税；而大陆的企业所得税与个人所得税存在的重复课税问题没考虑解决。
（4）个人所得税。台湾的综合所得税和大陆的个人所得税都是对个人所得课税。其差别有：一是税法依据不同，台湾的综合所得税是所得税法中的一部分；大陆的个人所得税有独立的个人所得税法。二是对课税方式不同，台湾采取综合所得税制，适用五级超额累进税率；大陆则采取分类所得税制，各类所得分别课税。
此外，海峡两岸各自设置的有较大差异的税种：台湾设置而大陆现没有设置或没有开征的税种主要有：地价税、娱乐税、遗产税与赠与税、土地增值税。大陆没有设置地价税。大陆没有娱乐税，因为大陆的娱乐项目是在营业税下课证，也包括歌厅舞厅等 。大陆的遗产税是在1994年税制改革中列有，但至今却一直没有征收。土地增值税也是在1994年开征，但征收之后因实际情况而已暂时停征。
大陆设置而台湾没有设置的税种主要有：城市维护建设税、城镇土地使用税、耕地占用税等。另有几种税则只是名称不同，并非实质特有。
海峡两岸税收制度协调存在的问题
两岸税收制度不同带来的需协调的问题特殊而复杂，由于经济制度不同，它既不是一般的“国家税收”问题，也不可能等同于不同国家之间的“国际税收”问题。在当前海峡两岸特定的政治经济环境下，有些类似于“国际税收”范畴中体现的一些问题。
（1）海峡两岸居民所得重复征税问题。两岸重复征税主要是由税收管辖权引起的，大陆对所得征税同时实行地域管辖权和居民管辖权；台湾对营利事业所得征税兼行两种税收管辖权，对个人综合所得征税只采用地域管辖权，但对来源于两岸所得，不论是个人或营利事业均同时实行地域管辖权和居民管辖权。
对于重复征税的消除，国际间所采取的最普遍办法是抵免法。台湾方面也有涉及两岸税收抵免的相关规定。1992年7月公布实行的《台湾地区与大陆地区人民关系条例》中规定，“台湾地区人民、法人、团体或其他机构有大陆地区来源所得者，应并同台湾地区来源所得课征所得税。但其在大陆地区已缴纳之税额，准自应纳税额中扣抵。前扣抵之数额，不得超过因加计其大陆地区所得，而依其适用税率计算增加之应纳税额”(第24条)。“大陆地区人民、法人、团体或其他机构有台湾地区来源所得者，其应纳税额分别就源扣缴，并应由扣缴义务人于给付时，按规定之扣缴率扣缴”(第25条)。 大陆目前尚无关于两岸税收的直接具体的规定，只在有关税法中有抵免法的规定，两岸税收事项可参照实行。然而，在两岸税务信息并不畅通的现状下，税务部门不太容易清楚了解台商及大陆居民的来源所得情况及税务资料，无法有效进行两岸税收抵免工作，目前两岸双重征税问题的实际解决仍很困难，跨越海峡投资经商的所得，难免受双重征税的困扰。
（2）台商在大陆投资税负不公问题。大陆改革开放后相继制定关于涉外税收优惠措施的法规，给予台商在大陆投资以税收优惠。但台湾当局至今仍坚持“三不”政策，拒绝大陆居民到台湾经营，因此大陆居民无法享受到台湾方面的税收优惠待遇。目前台湾已是大陆海外投资主要来源地区之一，但因不可能签订双边税收协定，台湾的公司及个人无法享有大陆与相关国家签定税收协定中的税收优惠，实际上可能造成某种程度的税负不公平。
（3）海峡两岸防范避税问题。目前两岸防范避税问题主要在大陆方面。在各种避税措施中，通过在关联企业之间转让定价是常见的一种手法，而对关联企业通过转让定价规避税收进行处理，是一项复杂的工作，需要获得海峡彼岸的台湾当局的积极配合，如互通关联企业的认定、独立成交价等方面的调查资料，才能顺利进行。在目前两岸税务交流渠道尚不畅通的情况下，要有效防止企业以不正当手段逃避税收确实不容易。
探寻海峡两岸税收协调的思路与途径
海峡两岸经贸合作中的税收协调事项，从现实分析，可能更应以福建作为主要的运作载体，这有利于促进两岸之间的经济合作和两岸关系的积极推进。从文化渊源、人文环境、亲情关系、地理因素等各方面，福建在海峡两岸经贸合作发展方面都具有得天独厚的优势，是海峡两岸的排头兵，海峡西岸经济区建设应作为海峡两岸经贸合作推进乃至建立两岸共同市场的重要组成和前期基础。
（一）必须坚持的根本原则和总体思路。
解决两岸税收协调问题的根本原则是祖国大陆对两岸关系提出的“和平统一、一国两制”方针。要始终坚持两岸关系不是国与国之间的关系，绝不适合将这种关系的处理方式国际化。因为：第一，双边税收协定，是主权国家之间为了协调税收分配关系，经谈判所缔结的一种协议，它适于国与国之间经济交往中的税收关系处理，而两岸是统一的国家。第二，台湾当局对两岸经贸交往仍然坚持“间接、单向”的原则，不少台商还是以“外商”或“港商”的名义在大陆投资经营。第三，大陆企业及个人至今因台湾当局阻挠仍不能到台湾去经营。
总体思路是：坚持一国两制方针指导，重视两岸税收协调关系，创新体制创新方式，灵活处理现实问题，推进两岸经贸合作发展。
（二）福建目前宜采用的措施建议。
1、开拓思路，争取地方的税收立法权，扩大税收管理权限。应考虑适当赋予地方相应的税收立法权限，为促进海峡两岸经贸合作的推进，应积极考虑设立税务特区，给福建以地方税收立法权，并适度扩大税收管理权限。建议从推进海峡两岸经贸合作发展的长远大计出发，福建省应创新发展思维，积极主动地向中央争取尽快考虑赋予福建相应的地方税收立法权，并扩大税收征收管理权限，以及时合理解决现实中的两岸税收协调问题。
2、改革完善地方税收制度，保障台商经济权益。应根据经济全球化趋向和国际惯例原则完善税收制度和征收管理制度，以求在两岸税制协调中居于主动地位。同时应遵循《台湾同胞投资保护法》基本原则，可考虑在如对两岸税收抵免、台商税收优惠、税收饶让问题等做出明确具体的规定，切实有效地保障台商享有应有的经济权益。
3、建立两岸税收情报交流中心，重视经济信息收集整理工作。福建应专门建立两岸税收情报中心，加强两岸税务部门、工商管理部门等方面的信息沟通，保证税务信息和企业相关经济信息的及时准确。要注重加强两岸税收情报和相关经济信息的收集交换工作，注重案例调查和法律程序，制定出促进两岸经贸发展中税收协调问题的具体实施方案，为两岸处理税收实际问题提供必需条件。
4、设立两岸税收协调的专门机构。在明确了两岸税收协调相关法规制度权限的同时，还应在福建省设立处理两岸税收协调问题的专门机构，专门具体负责解决处理两岸之间的税收协调问题，确保实际工作的推进和问题的及时解决处理。
未来的几年中，海峡经贸合作发展将会有新的突破，但同时受制于政治因素，两岸税收制度向一致方向趋同可能会弱于经贸关系的热度。这样，为促进两岸经贸合作发展，协调两岸税收关系就不仅是重要，而且是非常迫切。
海峡两岸税收制度比较
海峡两岸的现行税种中，有不少在名称上或实质上相同，但这些税种两岸仍有异同。
（1）增值税与营业税。台湾将两种税合并成一种税，并称为营业税，同时对销售货物、劳务及进口货物课税，是将按增值额课税与按总额课税的混合。大陆是增值税与营业税分设税种。
（2）货物税与消费税。台湾的货物税与大陆的消费税相同，均是就少数特定产品课税，属选择性课税，但课税对象范围有所不同。台湾以水泥、饮料品、汽油、汽车、彩色电视机、平板玻璃等为对象；大陆则是以烟酒、化妆品、珠宝、汽油、汽车及鞭炮烟火等为对象。
（3）企业所得税。不同之处:一是税率不同。台湾为22%，税率较低；大陆为33%。二是适用不同税法。台湾不分内外资，所有企业均适用所得税法中的相同规定课税；大陆则内外资有别。三是对企业的税收优惠不同。台湾的税收优惠另有法律规定，以前是奖励投资条例，1991年起则称为促进产业升级条例，并都只考虑企业的注册地，而不论其资金来源；大陆则是对外资企业提供“两免三减半”的所得税优惠。四是台湾自1998年起实行两税合一，企业所缴纳的营利事业所得税，可供企业股东或资本主用以抵扣综合所得税；而大陆的企业所得税与个人所得税存在的重复课税问题没考虑解决。
（4）个人所得税。台湾的综合所得税和大陆的个人所得税都是对个人所得课税。其差别有：一是税法依据不同，台湾的综合所得税是所得税法中的一部分；大陆的个人所得税有独立的个人所得税法。二是对课税方式不同，台湾采取综合所得税制，适用五级超额累进税率；大陆则采取分类所得税制，各类所得分别课税。
此外，海峡两岸各自设置的有较大差异的税种：台湾设置而大陆现没有设置或没有开征的税种主要有：地价税、娱乐税、遗产税与赠与税、土地增值税。大陆没有设置地价税。大陆没有娱乐税，因为大陆的娱乐项目是在营业税下课证，也包括歌厅舞厅等 。大陆的遗产税是在1994年税制改革中列有，但至今却一直没有征收。土地增值税也是在1994年开征，但征收之后因实际情况而已暂时停征。
大陆设置而台湾没有设置的税种主要有：城市维护建设税、城镇土地使用税、耕地占用税等。另有几种税则只是名称不同，并非实质特有。
海峡两岸税收制度协调存在的问题
两岸税收制度不同带来的需协调的问题特殊而复杂，由于经济制度不同，它既不是一般的“国家税收”问题，也不可能等同于不同国家之间的“国际税收”问题。在当前海峡两岸特定的政治经济环境下，有些类似于“国际税收”范畴中体现的一些问题。
（1）海峡两岸居民所得重复征税问题。两岸重复征税主要是由税收管辖权引起的，大陆对所得征税同时实行地域管辖权和居民管辖权；台湾对营利事业所得征税兼行两种税收管辖权，对个人综合所得征税只采用地域管辖权，但对来源于两岸所得，不论是个人或营利事业均同时实行地域管辖权和居民管辖权。
对于重复征税的消除，国际间所采取的最普遍办法是抵免法。台湾方面也有涉及两岸税收抵免的相关规定。1992年7月公布实行的《台湾地区与大陆地区人民关系条例》中规定，“台湾地区人民、法人、团体或其他机构有大陆地区来源所得者，应并同台湾地区来源所得课征所得税。但其在大陆地区已缴纳之税额，准自应纳税额中扣抵。前扣抵之数额，不得超过因加计其大陆地区所得，而依其适用税率计算增加之应纳税额”(第24条)。“大陆地区人民、法人、团体或其他机构有台湾地区来源所得者，其应纳税额分别就源扣缴，并应由扣缴义务人于给付时，按规定之扣缴率扣缴”(第25条)。 大陆目前尚无关于两岸税收的直接具体的规定，只在有关税法中有抵免法的规定，两岸税收事项可参照实行。然而，在两岸税务信息并不畅通的现状下，税务部门不太容易清楚了解台商及大陆居民的来源所得情况及税务资料，无法有效进行两岸税收抵免工作，目前两岸双重征税问题的实际解决仍很困难，跨越海峡投资经商的所得，难免受双重征税的困扰。
（2）台商在大陆投资税负不公问题。大陆改革开放后相继制定关于涉外税收优惠措施的法规，给予台商在大陆投资以税收优惠。但台湾当局至今仍坚持“三不”政策，拒绝大陆居民到台湾经营，因此大陆居民无法享受到台湾方面的税收优惠待遇。目前台湾已是大陆海外投资主要来源地区之一，但因不可能签订双边税收协定，台湾的公司及个人无法享有大陆与相关国家签定税收协定中的税收优惠，实际上可能造成某种程度的税负不公平。
（3）海峡两岸防范避税问题。目前两岸防范避税问题主要在大陆方面。在各种避税措施中，通过在关联企业之间转让定价是常见的一种手法，而对关联企业通过转让定价规避税收进行处理，是一项复杂的工作，需要获得海峡彼岸的台湾当局的积极配合，如互通关联企业的认定、独立成交价等方面的调查资料，才能顺利进行。在目前两岸税务交流渠道尚不畅通的情况下，要有效防止企业以不正当手段逃避税收确实不容易。
探寻海峡两岸税收协调的思路与途径
海峡两岸经贸合作中的税收协调事项，从现实分析，可能更应以福建作为主要的运作载体，这有利于促进两岸之间的经济合作和两岸关系的积极推进。从文化渊源、人文环境、亲情关系、地理因素等各方面，福建在海峡两岸经贸合作发展方面都具有得天独厚的优势，是海峡两岸的排头兵，海峡西岸经济区建设应作为海峡两岸经贸合作推进乃至建立两岸共同市场的重要组成和前期基础。
（一）必须坚持的根本原则和总体思路。
解决两岸税收协调问题的根本原则是祖国大陆对两岸关系提出的“和平统一、一国两制”方针。要始终坚持两岸关系不是国与国之间的关系，绝不适合将这种关系的处理方式国际化。因为：第一，双边税收协定，是主权国家之间为了协调税收分配关系，经谈判所缔结的一种协议，它适于国与国之间经济交往中的税收关系处理，而两岸是统一的国家。第二，台湾当局对两岸经贸交往仍然坚持“间接、单向”的原则，不少台商还是以“外商”或“港商”的名义在大陆投资经营。第三，大陆企业及个人至今因台湾当局阻挠仍不能到台湾去经营。
总体思路是：坚持一国两制方针指导，重视两岸税收协调关系，创新体制创新方式，灵活处理现实问题，推进两岸经贸合作发展。
（二）福建目前宜采用的措施建议。
1、开拓思路，争取地方的税收立法权，扩大税收管理权限。应考虑适当赋予地方相应的税收立法权限，为促进海峡两岸经贸合作的推进，应积极考虑设立税务特区，给福建以地方税收立法权，并适度扩大税收管理权限。建议从推进海峡两岸经贸合作发展的长远大计出发，福建省应创新发展思维，积极主动地向中央争取尽快考虑赋予福建相应的地方税收立法权，并扩大税收征收管理权限，以及时合理解决现实中的两岸税收协调问题。
2、改革完善地方税收制度，保障台商经济权益。应根据经济全球化趋向和国际惯例原则完善税收制度和征收管理制度，以求在两岸税制协调中居于主动地位。同时应遵循《台湾同胞投资保护法》基本原则，可考虑在如对两岸税收抵免、台商税收优惠、税收饶让问题等做出明确具体的规定，切实有效地保障台商享有应有的经济权益。
3、建立两岸税收情报交流中心，重视经济信息收集整理工作。福建应专门建立两岸税收情报中心，加强两岸税务部门、工商管理部门等方面的信息沟通，保证税务信息和企业相关经济信息的及时准确。要注重加强两岸税收情报和相关经济信息的收集交换工作，注重案例调查和法律程序，制定出促进两岸经贸发展中税收协调问题的具体实施方案，为两岸处理税收实际问题提供必需条件。
4、设立两岸税收协调的专门机构。在明确了两岸税收协调相关法规制度权限的同时，还应在福建省设立处理两岸税收协调问题的专门机构，专门具体负责解决处理两岸之间的税收协调问题，确保实际工作的推进和问题的及时解决处理。