杨树基因组AMT转运蛋白的生物信息学特性

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:vitchen02
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本研究中,通过隐马尔科夫模型(HMM)和杨树蛋白质库搜索,共找到17个杨树铵转运体蛋白(PtAMTs)。利用生物信息学方法,我们对杨树家族17条AMT蛋白序列的系统发生和AMT基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构进行预测和分析,同时还分析了杨树与拟南芥、水稻、番茄、百脉根和欧洲油菜的AMT基因家族之间的联系。二级结构预测结果发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;仪一螺旋和无规则卷曲为主要二级结构组成部分。同源性比对分析表明,PtAMT基因家族主要分为2个
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