目的在沉香性状、显微和理化鉴别、浸出物含量测定的基础上,通过探讨不同品种间的r DNA TIS2序列差异及系统发育分析,为商品沉香的鉴定提供分子生物学依据。方法以白木香、商品沉香及人工诱导沉香为材料,对其进行醇溶性浸出物测定、性状及显微鉴别,提取总DNA、扩增r DNA ITS2片段并直接测定序列,MEGA5.0软件计算种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离并进行系统发育分析,构建邻接树(NJ)和最大简约树(MP)。结果人工沉香、商品沉香醇溶性浸出物含量均高于10%,性状和显微鉴别均符合《中国药典》(2010年版)一部有关规定。沉香种内平均K2P遗传距离为0~0.003,种间平均K2P遗传距离为0.005~0.023。白木香、人工沉香和商品沉香在系统发育树上聚为一支。结论在沉香性状、显微和理化鉴别、浸出物含量分析的基础上,基于ITS2条形码序列可以准确鉴别沉香基源植物,为商品沉香的鉴定提供分子生物学依据。