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随着拟南芥、水稻等模式植物基因组测序计划的完成，比较基因组学作为一门新兴学科，近年来发展迅速，为植物基因组的进化、结构和功能研究开辟了新的途径。文章综述了比较基因组学在作物比较遗传作图、基因结构区域的微共线性、ESTs和蛋白质水平的比较以及基于比较基因组学的基因和QTL的克隆等方面内容与研究进展，分析了不同水平上比较基因组学研究策略的原理、特点、可行性，以期为利用模式生物的基因和基因组数据、采用比较基因组学策略克隆作物重要性状功能基因、阐明基因组结构与进化提供帮助。