Microbulbifer sp. A4B-17菌株的磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶与烯醇化酶研究

来源 :江苏农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lrqnm
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  摘要:对羟基苯甲酸(4-Hydroxybenzoate,4HBA)应用广泛,在工业领域上被当作前体合成各种芳香族化合物,其中包括液晶材料、农药等;在食品和化妆品等领域上被当作防腐剂。微泡菌属(Microbulbifer sp.) A4B-17是一种能将葡萄糖合成4HBA的海洋细菌,为了提高4HBA的合成效率对合成莽草酸途径前体的2个关键酶:GM004356编码的磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(Phosphoenolpyruvate carboxykinase,PEPCK)和GM0031333编码的烯醇化酶(Enolase)进行研究。通过构建蛋白系统进化树发现,PEPCK与Microbulbifer sp. GL-2的PEPCK相似度为95.15%,Enolase与Microbulbifer variabilis的Enolase相似度为98.13%。利用低温表达载体在大肠杆菌中对2个酶进行高效表达,提取和纯化后,采用BCA法蛋白定量计算后得到纯化后的PEPCK和Enolase分别占各自粗酶液的1.304%和1.123%。酶活采用PK/LDH(丙酮酸激酶/乳酸脱氢酶)偶联检测法检测NADPH的减少量。根据米氏常数双倒数法求得PEPCK和Enolase的Km值分别为0.041 mmol/L和0.056 mmol/L,PEPCK反应的最适温度为30 ℃,最适pH值为7,Enolase的最适温度为 30 ℃,最适pH值为7。以上结果为高效生产4HBA提供了理论依据。
  关键词:对羟基苯甲酸;磷酸烯醇式丙酮酸;烯醇化酶;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶
  中图分类号:S188 .3 文献标志码: A
  文章编号:1002-1302(2021)12-0045-06
  收稿日期:2020-11-04
  基金项目:江苏师范大学科研创新计划校立项目(编号:2020XKT485)。
  作者简介:刘曹彤(1996—),女,江苏淮安人,硕士研究生,主要从事环境微生物学研究。E-mail:3220859786@qq.com。
  通信作者:彭学,博士,教授,主要从事环境微生物学研究。E-mail:pengxue@jsnu.edu.cn。
  对羟基苯甲酸(4-Hydroxybenzoate,4HBA)及其酯类物质,不仅能抑制真菌和细菌的生长,还能调节一些酶的代谢,应用非常广泛[1],覆蓋了衣食住行各个方面,比如用于食品与化妆品的防腐剂、农业中的杀菌剂与化肥、手机电脑等的液晶制品等方面[2-6]。4HBA的毒性较低,抑菌效果也好,所以在2002年,对羟基苯甲酸酯类物质已经被我国批准作为食品防腐剂添加使用[7]。
  目前大部分4HBA通过石油分馏[8]得到,也有报道利用植物[9]或者重组大肠杆菌[10]合成4HBA,但是这些方法存在很多的缺陷,植物合成得到的4HBA提纯难度大[11]。微泡菌属(Microbulbifer sp.) A4B-17菌株是能将葡萄糖合成4HBA及其酯类的海洋细菌,笔者所在课题组已经完成了A4B-17菌株的基因组测序和注释[12]。合成4HBA的途径有2条:葡萄糖降解途径和莽草酸途径,在后者途径中磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)和4-磷酸赤藓糖缩合反应生成3-脱氧-D-阿拉伯庚酮糖酸-7-磷酸合成酶(DAHP),PEP的合成量较低成为莽草酸途径的限速步骤。A4B-17菌株合成PEP的途径有2条:2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡糖酸途径(ED途径)和糖酵解途径(EMP途径)。在ED途径中,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)将草酰乙酸(OAA)脱羧生成PEP;在EMP途径中烯醇化酶(Enolase)将2-磷酸甘油酸(OAA)脱水生成PEP。EMP途径和ED途径[13]的共同点是将合成PEP作为通路的最后一步反应。同时在之后的合成途径中,PEP作为起始物质,4HBA及其酯类合成多少完全取决于它的积累量[14]。可以说要想大量合成4HBA及其酯类,就需要大量合成PEP。A4B-17菌株的PEPCK和Enolase这2个酶分别由编号为GM004356和GM001333的基因编码,而且在该细菌体内,有且只有这2种酶能够合成PEP,因此对这2个基因编码的蛋白酶的研究是非常有必要的。对这2个酶的研究不仅能了解它们的理化性质,还能够为提高PEP的产量提供理论基础,从而为提高4HBA的产量打下基础[15]。
  1 材料与方法
  1.1 试验材料
  Microbulbifer sp. A4B-17菌株(由笔者所在课题组从海水中分离得到,并保存于江苏师范大学生命科学学院);大肠杆菌DH5α(笔者所在实验室长期保存于 -80 ℃ 超低温冰箱中);pET-21a( )载体(购买自武汉淼灵生物科技有限公司)。
  1.2 试验试剂
  Q5 High-Fidelity DNA Polymerase,5×Q5 High GC Enhancer(optional),5×Q5 Reaction Buffer,dNTP Mix,dd Water,LB肉汤,100 mg/mL Ampicillin(Amp)母液,50×TAE Buffer(pH值8.5),1%琼脂糖凝胶,DNA marker,DNA loading buffer,GoldView核酸染料,质粒提取相关试剂[16],磷酸缓冲液PBS母液(0.2 mol/L),0.1 mol/L异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG),30% (质量浓度)丙烯酰胺溶液(Acr-Bis),10%(质量浓度)过硫酸铵,5×Tris-Glycine Buffer(电泳缓冲液),1 mol/L Tris-HCl(pH值为6.8),1.5 mol/L Tris-HCl(pH值为8.8),10% SDS考马斯亮蓝R-250染色液,考马斯亮蓝脱色液,5×SDS-PAGE loading Buffer,β-巯基乙醇(β-ME),蛋白纯化试剂盒等。   1.3 GM004356和GM001333编码基因的克隆与鉴定
  1.3.1 目的片段的扩增
  首先分别设计GM004356和GM001333这2个目的基因的引物,引物设计见表1,引物序列交由上海捷瑞生物工程有限公司合成。设计PCR反应体系,加入PCR管中,混匀,放入PCR仪,设置好反应条件,运行程序。35次循环。
  1.3.2 载体酶切
  选择pET-21a( )载体,大小为5 443 bp,酶切位点为BamHⅠ和XhoⅠ,采用双酶切,载体酶切后,需要将目的基因与载体进行连接,形成重组质粒。选择的酶连试剂盒为Ready-to-Use Seamless Cloning Kit。总反应体系为 50 μL,混合均匀后于37 ℃水浴5 min。
  1.3.3 阳性转化子质粒提取
  将重组质粒转入大肠杆菌,培养结束后,挑取部分单菌落进行液体培养,然后利用十二烷基硫酸钠(SDS)碱裂法提取质粒。
  1.3.4 阳性转化子酶切鉴定
  将酶切体系加到PCR管中,混合均匀,放入37 ℃水浴锅中孵育5~10 min,然后琼脂糖凝胶电泳验证结果。
  1.4 PEPCK和Enolase的表达与酶活探究
  1.4.1 粗酶提取
  将活化好的菌落接入含氨苄青霉素(Amp)的LB三角瓶中,37 ℃,180 r/min,培养至吸光度为0.4~0.6,再加入异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)低温低速诱导培养12~24 h,使目的蛋白充分表達。将培养好的菌液5 000 r/min,低温离心10 min,弃上清,用pH值为7.4的PBS缓冲液(磷酸缓冲盐溶液)重悬细胞,再离心,再重悬,用超声波破碎仪破碎细胞,4 ℃ 离心,上清即为粗酶混合液。
  1.4.2 蛋白纯化
  提取出的粗酶中,绝大部分是不需要的杂蛋白,想要研究目的蛋白的性质,需要将目的蛋白提取出来,选择蛋白纯化试剂盒进行纯化。为了给后续试验提供一个定量结果,需要计算出粗酶中PEPCK和Enolase的含量。采用BCA(聚氰基丙烯酸正丁酯)蛋白定量法,根据吸光度与蛋白浓度成正比,绘制蛋白浓度标准曲线,从而能够计算出目的蛋白占粗酶的百分比。
  1.4.3 PEPCK和Enolase酶活检测方法
  PEPCK和Enolase酶活检测方法采用PK(丙酮酸激酶)/LDH(乳酸脱氢酶)偶联检测法,即将不方便检测的磷酸烯醇式丙酮酸,经PK和LDH催化后,生成丙酮酸,然后与还原型辅酶Ⅱ(NADPH)反应生成NADP ,而NADPH容易被检测,NADPH浓度的减少量与PEPCK和Enolase的活性成正相关,通过测定在340 nm处NADPH吸光度的减少,来反映酶的活性。
  根据PK/LDH偶联检测法探究2个酶的最适温度和最适pH值。研究PEPCK的最适温度,要控制pH值、反应时间、调控剂不变。设置不同反应温度,固定pH值不变;研究PEPCK最适pH值时,要控制温度、反应时间、调控剂不变,各反应成分与研究最适温度时一致,只是改变缓冲液的pH值不同。用同样的方法来探究Enolase的最适温度和最适pH值。
  2 结果与分析
  2.1 系统进化树分析
  在Microbulbifer sp. A4B-17菌株中找到编号为GM004356和GM001333的全部碱基序列,经NCBI数据库比对分析,确定这2个基因分别编码PEPCK和Enolase。GM004356编码的PEPCK与Microbulbifer sp. GL-2、Microbulbifer sp. THAF38和Microbulbifer variabilis编码的PEPCK相似度较高,相似度都为95.15%,系统进化树见图1。GL-2菌株分离自硬骨鱼肠道中[17],是一个新的降解纤维素的菌株。Microbulbifer variabilis分离自太平洋海藻,能够产生抗癌吩嗪抗生素[18]。关于THAF38菌株还没有相关报道。GM001333编码的Enolase与Microbulbifer variabilis和Microbulbifer sp. THAF38的Enolase相似度较高,相似度都为98.13%,系统进化树见图2。
  2.2 高效表达质粒的构建
  2个目的基因GM004356和GM001333分别进行PCR,琼脂糖凝胶成像分析(图3)。选用pET-21a( )载体,采用双酶切,与目的基因相连,构成重组质粒,导入大肠杆菌体内。通过验证,获得阳性转化子,并测序,与原始目的基因比对,发现重组质粒中的目的基因未发生突变或缺失,与原始基因完全一致,可以利用该菌落进行后续的蛋白研究。
  2.3 蛋白质的提取和纯化
  低温低速诱导目的蛋白表达,提取粗酶,电泳初步判断转入大肠杆菌的目的基因成功表达,接着对粗酶进行纯化,电泳验证纯化结果,发现目的蛋白PEPCK和Enolase均能被纯化,且效果明显,可以进行后续的定性分析,具体结果见图4和图5。
  将粗酶液稀释10倍后用BCA法测得样品吸光度为2.526 4,通过标准曲线, 计算出粗酶液中蛋白总浓度为3.298 mg/mL。纯化之后目的蛋白PEPCK吸光度为0.337,根据标准曲线,计算出纯化后的PEPCK浓度为0.043 mg/mL,占粗酶液的1.304%。同样的方法,得到Enolase占粗酶液的1.123%。
  2.4 PEPCK和Enolase米式常数的研究
  米氏常数(Km)定义为当酶促反应达最大速度(vm)一半时底物(S)的浓度。对Km的研究,能揭示其在参加反应时的重要性质,为该酶应用到工业生产中提供重要的理论依据。根据米氏常数双倒数求法的计算公式:1/v=Km/(vmax[S]) 1/vmax,可以看成y=ax b的形式,需要做出初始反应速率的倒数,以及反应底物浓度的倒数,设定反应时间为 2 min,底物浓度足够大。因为当y=0时,横截距即为-1/Km,得到PEPCK的Km值为0.041 mmol/L,如图6-A所示。Enolase的Km值为0.056 mmol/L,如图6-B所示。2个Km值都较低,说明PEPCK与OAA,Enolase与底物2-磷酸甘油(PGA)的酶促反应很容易进行,从而转化生产磷酸烯醇式丙酮酸(PEP),因此更有利于重要中间产物PEP在菌体中的积累。   2.5 最适温度和最适pH值
  探究PEPCK的最适温度,设置不同反应温度,固定pH值保持不变,反应结束后测定NADPH的吸光度,结果见图7,发现在30 ℃左右时,PEPCK活性最高。探究最适pH值时,设置不同pH值,保持温度为30 ℃,发现pH值为7时酶活最高(图8)。
  同样的方法,分别设置Enolase的反应温度和缓冲液pH值,发现Enolase的最适反应温度为30 ℃,最适pH值为7,结果如图9和图10所示。
  3 讨论与结论
  Microbulbifer sp. A4B-17菌株的特点是本身就可以合成对羟基苯甲酸及其酯类,而且产量较高,不会产生对人体有毒有害的物质。本研究对细菌细胞内编号为GM004356和GM001333的2个目的基因进行转化克隆,高效表达PEPCK和Enolase,通过提取纯化计算出纯化之后目的蛋白PEPCK占粗酶液的1.304%,纯化后的Enolase占粗酶液的1.123%。PEPCK酶反应的最适温度为30 ℃。最适pH值为7;Enolase的最适温度为30 ℃,最适pH值为7。PEPCK和Enolase的米氏常数分别是0.041、0.056 mmol/L,较低的Km值更有利于酶促反应的快速进行。通过蛋白系统进化树分析,PEPCK与Microbulbifer sp. GL-2的PEPCK相似度为95.15%;Enolase与Microbulbifer variabilis的Enolase相似度为98.13%。本研究对PEPCK和Enolase 2种酶进行深入研究,为将来2个酶的优化研究建立标准。笔者所在课题组期望通过对该菌株的深入研究,改变传统的生产方式,利用可再生资源合成4HBA等工业原料。
  本试验所采用的酶活性研究方法均为PK/LDH酶偶联法,该方法虽操作简单,思路清晰,但是在偶联法中,PK以及LDH的活性会对整个试验结果产生较大影响,而且最终得到的米氏常数其实是目的蛋白酶与PK、LDH共同作用的结果。目前对PEP的检测暂无有效可行的方法,开辟一种新的检测方法还需要大量工作,后续可以在本研究的基础上进行拓展研究。
  参考文献:
  [1]郭 阳,臧 埔,郜 玉,等. 化妆品防腐剂的使用现状及进展[J]. 中南药学,2018,16(9):1258-1263.
  [2]石金娥,刘静秋,尚淑霞,等. 对羟基苯甲酸酯类防腐剂在酱油、食醋中应用状况分析[J]. 中国调味品,2011,36(7):11-12.
  [3]李欣航,张金龙,毕永贤,等. 无尼泊金酯类化妆品防腐体系的应用研究[J]. 日用化学品科学,2018,41(8):14-21.
  [4]陈建文,厉华明,周荣荣. 食品中对羟基苯甲酸酯类的应用现状与检测方法[J]. 中国酿造,2008(8):4-5.
  [5]胡 梅. 化妆品防腐及防腐体系的构建[C]//第九届中国化妆品学术研讨会论文集. 北京:品观网,2012:105-107.
  [6]朱 莉,许超艳,李晶晶,等. 生物合成对羟基苯甲酸的研究进展[J]. 生物工程学报,2015,31(3):328-337.
  [7]林忠洋,马万里,齐 迹,等. 对羟基苯甲酸酯类防腐剂的人体暴露[J]. 化学进展,2015,27(5):614-622.
  [8]Okai N,Miyoshi T,Takeshima Y,et al. Production of protocatechuic acid by Corynebacterium glutamicum expressing chorismate-pyruvate lyase from Escherichia coli[J]. Applied Microbiology and Biotechnology,2016,100(1):135-145.
  [9]董秀梅,晁 青,王柏臣. 植物磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)研究进展[J]. 植物学报,2013,48(3):320-328.
  [10]Zhang H R,Pereira B,Li Z J,et al. Engineering Escherichia coli coculture systems for the production of biochemical products[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,2015,112(27):8266-8271.
  [11]Sommer S,Heide L. Expression of bacterial chorismate pyruvate-lyase in tobacco:evidence for the presence of chorismate in the plant cytosol[J]. Plant
其他文献
为了确定东北地区参考作物蒸散发量ET0的历史变化趋势是否受到了农业发展的影响,为农业水资源高效利用提供支撑。利用东北地区109个气象站1961-2017年日气象数据计算参考作物蒸散发量,并确定全年、生长季(5-9月)和非生长季(10-4月)的变化趋势。利用站点周围5 km半径范围内耕地面积比例(CF)作为衡量农业活动影响大小的指标,分析ET0及其辐射项(ETrad)和空气动力学项(ETaero)变化趋势值大小与耕地面积
随着信息化技术的发展,物联网技术和以无人机为代表的低空遥感技术被广泛应用于生产实践和环境监测等领域。在现代农业病虫害监测中,物联网和低空遥感技术可以分别从地面微观和空中宏观角度监测农作物病虫害情况以及分析其致病环境因素。农场通常位于远离基础设施的偏远地区,农业物联网应用面临能量供应受限问题。无人机收集农场病虫害信息具有灵活度高、成本低以及可以保证数据及时性等优势,但无人机面临滞空时间短、电池更换频
大豆是衡水市安平县种植面积较大的经济作物之一,但近年来大豆连续种植、管理方式简单、气候环境条件异常等多种因素,导致在种植过程中病虫害较为严重,对大豆产量及品质提升
期刊
日前,省农村人居环境整治工作领导小组办公室印发《关于通报表扬2020年全省村庄清洁行动先进县的通知》,对石家庄市鹿泉区等30个村庄清洁行动任务完成好、整治成效突出的县(
期刊
摘要:柑橘果实的色泽和香气品质主要由果实中的萜类色素和挥发物的种类和含量决定。2-C-甲基-D-赤藓醇-4-磷酸(MEP)和甲羟戊酸(MVA)途径合成共同前体异戊烯焦磷酸和二甲基丙烯焦磷酸,经八氢番茄红素合成酶和萜类合成酶的作用分别进入萜类色素和挥发物的合成代谢。本文介绍了柑橘果实萜类色素的组成及呈色特点、萜类挥发物的组成及香气特点,综述了萜类色素和挥发物的生物合成途径及关键基因、主要的转录调控因
研究农业水资源利用效率时空分异特征及影响因素,可为促进区域农业生产节水及提高用水利用效率提供科学依据。基于2010-2017年面板数据,运用DEA-BCC、Malmquist指数和Tobit模型对河北省11地级市农业水资源利用效率的静态和动态时空分异特征及整体影响因素进行探讨。结果表明:2010-2017年河北省农业水资源利用效率均值总体水平较低,呈现“倒V”形的时间变化特征和“北高南低”的空间分布特征。全省的全要素生产率增长率为7.2%,时序上呈先增长后下降的趋势,空间上呈北部、西北部高,东部、西南部低
摘要:绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明,
秦皇岛市昌黎县是全国蔬菜生产大县之一.全县蔬菜种植总面积达31.1万亩,年生产蔬菜13亿公斤.近年来,昌黎旱黄瓜成为昌黎县的特色主导产业.2001年昌黎旱黄瓜(马芳营牌)被认定
期刊
摘要:粒型是影响稻米产量和的品质的重要数量性状之一。其遗传调控网络包括信号通路、泛素-蛋白酶体通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、G蛋白信号通路及转录因子等多个调控通路。目前已经定位到的与粒型相关数量性状位点(QTL)有600多个,并克隆了70多个基因,这些基因间相互作用并于其他调控通路共同构成了水稻粒型调控网络。笔者对粒型调控网络和相关基因进行了总结和梳理并阐明其在育种上的应用前景,以
该研究旨在实现政府、农户、水管单位之间成本与获益的平衡,为灌区农业水价测定、综合效益评价提供参考.在分析灌区农业用水主体成本和获益基础上,按公平、均衡原则对成本进