通过研究3种水稻种子寄藏真菌检测方法的异同和适应性,为提高水稻种子健康检测的针对性提供科学依据。以云南省具有代表性的3个主栽水稻品种楚粳26、滇优35和宜香9的种子为材料,采用洗涤法、PDA平板法进行种子寄藏真菌检测;同时采用滤纸保湿法对此3个品种以及富优80等产地海拔高度不同的共计20个水稻品种的种子进行检测。结果显示,洗涤法适用于种子外部带菌检测,洗涤时间为20min,洗涤液稀释10倍涂平板可以观测记录带菌的数量,供试水稻种子外部主要携带Aspergillus、Fusarium、Penicillium、Alternaria,它们出现的比例分别为21.4%、17.9%、16.7%和8.3%;PDA平板法可以满足整粒种子以及解剖后种子不同部位的寄藏真菌检测,结果与洗涤法基本一致,种子携带4个属真菌的分离比率分别为42.7%、25.6%、1.2%和4.9%;滤纸保湿法可较好地检测20个水稻品种整粒种子的带菌情况,共检测到24个属的真菌,主要优势菌为Aspergillus、Fusarium和Penicillium,它们分别在14、19和18个供试品种中广泛分布,出现频率最大,而在版纳10号等少数地方种水稻种子中,上述3个属的真菌未检出或者检出频率明显降低。研究分析了种子类型、来源、产地海拔高度与种子寄藏真菌种类的关系,提出了对3种检测方法中获得的未知真菌分类地位进行进一步鉴定的建议。