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草甘膦欲继续占有市场，需要克服以下三大障碍：一是抗性。草甘膦长期使用势必产生抗性。抗草甘膦转基因作物已在23个国家的1．14亿公顷土地上种植，目前已发现对草甘膦具抗性的杂草有35种。由于抗草甘膦转基因作物的根茬、种子存在，会形成抗草甘膦的“自生作物”，严重影响产量、品质，需使用抗草铵膦等其他除草剂。另外，一些抗草甘膦作物会与某些杂草杂交，产生抗性杂草。