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细菌的致病过程是与宿主细胞相互作用的复杂过程，它涉及病菌众多毒力基因产物即毒力因子的协同作用，并能与宿主的免疫系统一同进化。目前对很多细菌的毒力因子和致病机制的研究虽取得了一定进展，但对其毒力因子的具体数量、本质和细菌如何逃逸宿主免疫反应并最终致病的分子机理等尚不清楚，这正是抗菌药物和疫苗研发滞后的症结所在。为研究细菌的毒力因子，人们已建立了许多方法，如克隆筛选法、调控筛选法等，这些方法均在体外进行，并已成功地鉴定出许多细菌的致病基因。