油菜ABCC家族基因生物信息学分析及其对镉胁迫的转录响应

来源 :中国油料作物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kbxbx
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为进一步解析ABCC家族基因在甘蓝型油菜中的生物学功能及其对土壤镉污染的响应,对在甘蓝型油菜中鉴定到的38个ABCC同源基因,从系统进化、染色体定位、基因结构以及对镉胁迫的转录响应方面进行分析。结果表明,甘蓝型油菜ABCC家族基因的进化分支都归属于拟南芥ABCC家族相应的分支,但ABCC9亚家族在甘蓝型油菜中缺失;大部分成员均属于较稳定的疏水蛋白;Ka/Ks值均小于1,受到强烈的纯化选择作用;基因结构变异较大,内含子数目在6~34之间,启动子区域能结合多种顺式作用元件,其中Dof丰度最大。38个BnaABCC分别定位在7条A染色体和8条C染色体上。共线性分析结果表明,甘蓝型油菜和拟南芥、白菜、甘蓝存在大量的同源基因。转录组分析显示,甘蓝型油菜ABCC家族基因受到镉胁迫的强烈诱导,其中BnaC1.ABCC3-2和BnaA6.ABCC4-3被分别确定为地上部和根部的主效基因。
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