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以广西梧县药用野生稻为材料,采用两种无氮培养基及改变其碳源的无氮培养基分离纯化野生稻内生固氮菌,用乙炔还原法检测固氮酶活性;并结合插入序列指纹图谱进行聚类分析,测定各类群代表菌株的16S r RNA序列分析其系统发育;进一步扩增nif H基因片段以验证固氮菌,并通过生理生化试验筛选出具有较好功能的内生固氮菌.共分离得到27株内生固氮菌,固氮酶活性范围0.872-103.077 nmol m L-1 h-1;聚类分析6个类群中,类群Ⅰ代表菌株111与嗜麦芽窄食单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia MTCC 434T）相似性为99.61%,类群Ⅱ代表菌株与肺炎克雷伯氏肺炎亚种（Klebsiella pneumoniae subsp.pneumoniae DSM 30104T）相似性为99.48%,类群Ⅲ代表菌株23与Kosaconia sacchari SP1T相似性为99.74%,类群Ⅳ代表菌株JX41′与Enterobacter oryzendophytics LMG 26432T相似性为98.51%,类群V代表菌株a32N与肺炎克雷伯氏鼻硬结亚种（Klebsiella pneumoniae subsp.rhinoscleromatis ATCC 13884T）相似性为99.74%,类群Ⅵ代表菌株15C3与变栖克雷伯氏（Klebsiella variicola DSM 15968T）相似性为99.74%.nif H基因片段检测进一步验证分离的细菌为固氮菌,发现类群I未扩增得到nif H片段,有可能代表一类新的固氮体系,有待进一步研究.类群VI 15C3具有产脲酶、较强分泌生长素的能力,且同时具有溶磷解硅、产铁载体和分泌硫化氢的能力,具有较强促生作用,有很好的应用前景.本研究表明梧县药用野生稻内生固氮菌资源具有遗传多样性,并筛选得到一类具有促生特性内生固氮菌,应用前景广泛.