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纯度是玉米种子质量的重要指标之一,尤其杂交种自交株是影响田间产量的关键因素.KASP(kompetitive allele specific PCR)技术具有高通量、低成本的优点,适用于种子纯度检测.本研究基于12套杂交种及其父母本的三联体样本及335份玉米杂交种国家审定标准样品SNP指纹,从384个SNP基础位点筛选获得60个候选位点,位点转化为KASP引物的成功率为95％.综合考虑引物双亲互补率、多态性、稳定性和分型效果等多项指标,最终确定20个引物作为玉米杂交种纯度鉴定的核心引物,能够有效鉴定99.7％供试样品纯度.对于待测样品京科968通过SNP-DNA指纹数据库查询,并选择双亲互补型引物进行纯度鉴定.在检测的110个个体中,共检出1个自交苗和2个异型株,纯度为97.3％.同时,基于纯度核心引物对批量样品检测建立高通量纯度检测方案,具有快捷、准确、高通量和低成本的特点,为政府监管和企业提供了更多纯度鉴定方案的选择.