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建立政府主导型流域生态补偿制度的关键是规范财政转移支付制度。财政转移支付有助于实现功能区因保护生态环境而牺牲经济发展的机会成本和额外环境保护成本的补偿。其中，机会成本的补偿主要由中央一般财政转移支付予以补偿，而额外成本的补偿主要应由中央和地方政府的专项财政转移支付予以补偿，市场机制的补偿仅是辅助性的补偿。