目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征.方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,用反转录/巢式PCR方法扩增gag和env基因片段,对获得的CRF01 AE病毒株核酸序列进行系统进化分析,并通过计算基因距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析毒株的遗传特征.结果 从210例CRF01_AE病毒株感染者中,发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇.流行簇Ⅰ共有123例样本,未发现与之直接相关的国际参考毒株.流行簇Ⅱ共有57例样本,与越南CRF01 AE病毒株关系密切,且存在不同时间样本的混杂.gag和env基因遗传距离分析结果表明,流行簇Ⅰ内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果显示,在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异,env基因片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇Ⅰ相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个,多态性增加的位点有21个.结论 在中国南方四省区流行的CRF01 AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇.流行簇Ⅰ病毒株为该地区最主要的CRF01 AE病毒株,其流行时间相对较短,在人群中所占比例较多,可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株.流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性,且存在与越南病毒株间的多次传播.