祁连山自然保护区位于甘肃西南部,祁连山北坡,北纬36°45′—39°30′,东经93°31′—102°40′,面积272.2万hm2,属青藏高原、黄土高原和蒙古高原的过渡带;分布有种子植物1286种,隶属84科431属,占中国种子植物科数的30.43%,属数的13.86%,种数的5.00%。含20种以上的属6属155种,含10-19种的属19属244种,含5-9种的属45属292种,含1-4种的属360属595种,其中,含1种的属217属217种。属的分布类型有12个分布类型和18个分布亚型,热带分布类型有3个类型、1个变型,共27属44种,占祁连山保护区总属数的6.26%;北温带分布及其变型在本区共173属,占本区属数的40.14%,其中北温带分布类型在本区共126属,占29.23%,为本区最大的分布类型;旧世界温带分布及其变型共64属,其中在旧世界温带分布的54属植物中,鹅观草属(Roegneria C.Coch.)为本区最大的属,共15种;地中海区、西亚至中亚分布及其变型共34属,其中地中海区、西亚至中亚分布在祁连山保护区均为含1—5种的小属;中亚分布及其变型共有24属,其中中亚分布中,除(Dilophia Thoms)和小甘菊属(Cancrinia Kar.et Kir.)各有3种外,其余11属均仅含1种;中国特有分布共9属10种,这些特有成分中,有青藏高原特有属(黄缨菊Xanthopappus C.Winkl.)、唐古特地区的特有属(穴丝荠属Coelonema Maxim.),大部分为本区与周围地区所共有的属,而无真正的本区特有属。温带成分占优势,植物区系年轻,草本植物丰富而乔木种类贫乏,特有属、种少,地理成分沿海拔高度明显不同。