《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号，以下简称《36号文》）规定，企业购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，应按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额。
　　农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人。相关政策规定，农业生产者销售自产的农产品免征增值税，即农产品收购发票可以抵扣进项。《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税[2012]75号，以下简称《75号文》）和《增值税暂行条例》规定，农产品销售发票是指小规模纳税人销售农产品，依照3%征收率，按简易计税办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。同时，批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
　　根据规定，一般纳税人销售免税农产品，不能开具增值税专用发票，只能开具销售发票。但一般纳税人开具的销售发票显然不符合《75号文》的有关规定，无法抵扣。而农产品收购者只能开具收购发票，不能开具销售发票。
　　《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税[2008]81号）规定：1.对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税；2.增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
　　如果政策规定收购者只能开具收购发票，那农民专业合作社如何领购普通发票？而一个连普通发票都不能领的农民专业合作社是不能规范运营的。另外，收购发票也有使用地域限制。根据《发票管理办法》的规定，“除国务院税务主管部门规定的特殊情形外，任何单位和个人不得跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票”。那么，在销售补票不算数、收购发票不能用的情况下，各省为了抵扣，出台了哪些变通办法呢？
　　《广东省国家税务局关于加强农产品收购发票管理有关问题的公告》（广东省国家税务局公告2015年第14号）规定，纳税人向农业生产者个人收购自产农产品，可以向主管国税机关申请领用农产品收购发票，主管国税机关根据纳税人的经营项目和经营规模，对其领取发票的种类、数量、版面金额以及领取方式按规定予以确认。该政策的言外之意是，向农业生产者单位收购自产农产品，不能领购农产品收购发票，而应当由农业生产者单位开具免税的销售发票。
　　《甘肃省国家税务局中药材购销行业税收管理办法（试行）》（甘肃省国家税务局公告2015年第7号）规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。购货方为增值税一般纳税人的，凭农民专业合作社开具的增值税普通发票计算抵扣增值税进项税额。甘肃省的政策更加明确，免税的销售发票也可以抵扣，不管这个农民专业合作社是一般纳税人还是小规模纳税人。
　　浙江省国税局也发布文件指出，农产品抵扣问题按照《增值税暂行条例》、《36号文》和《关于明确营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局2016年第26号）的规定，一般纳税人购进农产品按下列办法抵扣农产品进项税额：一是向农业生产单位或农民专业合作社购进其自产的农产品（免税），凭农业生产单位或农民专业合作社开具的普通发票抵扣进项税额；二是向农民个人购进其自产的农产品（免税），凭农民个人向税务机构申请代为开具的普通发票，或一般纳税人自开的收购发票抵扣进项税额；三是向其他一般纳税人购进非自产农产品（应税），凭增值税专用发票抵扣进项税额；四是向小规模纳税人购进非自产的农产品（应税），凭自开或由税务机关代为开具的增值税普通发票（或专票）抵扣进项税额；五是向批发、零售单位购进的（免税）非自产农产品，按照《75号文》有关规定，不得抵扣进项税额。
　　因此，在免税的销售发票可以抵扣进项的地区，企业在购买农产品时，应争取获得免税的销售发票。