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用AFLP技术分析了我国不同年代广泛应用的野败型杂交水稻19个恢复系和13个不育系的遗传差异，同时基于其农艺性状进行了聚类，结果表明：（1）基于标记和性状两种聚类在不育系和恢复系的区分上一致，而在恢复系内和不育系内的遗传差异检测上有较大差异；（2）我国水稻亲本间的遗传差异较大，且在不育系与恢复系间〉恢复系内〉不育系内；（3）恢复系内的遗传差异以早期小于中期、近期，其与不育系间的遗传差异也存在同样的关系，这与20世纪80年代中、后期我国杂交水稻产量大幅度提高，90年代后一直徘徊不前的变化趋势一致；（4）不育