目的分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征。方法应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析。结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1%,其中2012年31例,2014年2例。CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性。VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6%~100%、95.7%~100%;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7%~85.4%、82.1%~89.1%,氨基酸序列相似性分别为96.1%~99.0%、90.4%~99.6%;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9%~99.2%、96.1%~100%。进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近。福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支。结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体。福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链。