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降低复杂网络信息系统安全风险的关键是对安全资源进行优化配置。近几年来，网络信息系统遭受的恶意攻击事件频繁发生，给企业和国家带来巨大损失。本文通过建立以攻击传播性和分层防护为主的复杂网络信息系统安全资源分配模型，将单层和双层防护作为保护方式对安全资源分配，经仿真实验验证后，表明安全资源优化配置能够降低复杂网络信息系统存在的安全风险。