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丙型肝炎病毒(HCV)基因组是一单股正链RNA，全长9600个碱基对(bp)，含有一个大的开放读码框架(ORF)，编码约3010个氨基酸的病毒前体蛋白，HCV基因组5′端(5′UTR)和3′端(3′UTR)为非翻译区，或称非编码区(UCR)，前者位于ORF上游；后者位于下游，含有poly A或ply U尾巴。