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微生物组是一新兴研究领域,其研究涉及人类健康、农业、生物能源和环境等领域。其中,肠道微生物组是近年研究的热点。已有研究表明,肠道菌群与消化道疾病(炎症性肠病)、代谢性疾病(2型糖尿病)、心脑血管疾病(帕金森征)等有关。中药常作为补益药而长期大量服用,其口服进入胃肠道后,肠道菌群可影响中药药理和毒理作用。本文主要综述了微生物组的基本概况、常用的检测技术及其与何首乌所致肝毒性、黄芩直接作用于肠道、泽泻所致肾毒性及小柴胡汤所致肺炎等为代表的几种毒性作用间的关系。