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选取1997-2015年长江经济带11省(市)的农业投入产出面板数据考察农业环境全要素生产率发现,绝大部分年份中农业传统TFP大于农业环境TFP,而农业环境保护政策实施后两者趋于一致;云南、湖南、浙江、贵州四省农业面源污染较重,安徽、上海、四川、湖北农业面源污染程度较轻;化学需氧量、农药及农膜是农业面源污染的主要增长来源,技术进步是推动农业环境TFP提升的主要动力,同时技术效率能有效地阻止农业环境TFP的下滑。要提高长江经济带农业环境TFP,可以通过完善绩效核算体系、推进农业技术创新与交流、加强农业环境实时监测、提高秸秆综合利用率等途径来实现。