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针对厦门海沧投资区的系统特征，应用不确定性多目标混合整数规划（ＩＭＯＭＩＰ）模型对区域进行了环境经济系统规划研究。根据模型的解，得到了关于优化的行业动态结构，大气污染排放份额分配，水污染物排放分配，水资源利用分配、污水处理厂扩展、森林扩展等方面的结果。并应用对偶分析对区域的发展瓶颈问题进行了分析。