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[目的]探讨黑斑大壁虎和红斑大壁虎（Gekko gecko）之间的分化程度。[方法]对黑斑大壁虎和红斑大壁Cty b基因的序列进行测定，获得Cyt b基因全序列1 147 bp。以白脊壁虎（G.vittatus）和沙虎（T.keyserlingii）为外群，用邻接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了2种大壁虎的系统发育关系。[结果]黑斑大壁虎与红斑大壁虎Cyt b基因的差异程度达到9.18%，NJ和MP分子系统树显示黑斑大壁虎与红斑大壁虎明显分为二支。[结论]两者达到了亚种分化的差异。