【摘 要】
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目的 研究福菜乳杆菌重庆亚种CQ16Z1(简称CQ16Z1)与福菜乳杆菌福菜亚种YM0097(简称Y97)的基因组差异.方法 采用二、三代测序技术对CQ16Z1菌株进行全基因组测序,计算CQ16Z1与Y97菌株的核苷酸一致性和数字DNA-DNA杂交同源性,通过比较基因组学对两株菌的基因组差异进行比较分析.结果 CQ16Z1菌株的基因组大小为2654961 bp,染色体大小为2625188 bp,GC含量为35.75％;有5个质粒环,大小2000～14000 bp.全基因组基因预测结果显示,CQ16Z1菌株
【机 构】
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成都医学院 病原生物学教研室 成都 610500
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目的 研究福菜乳杆菌重庆亚种CQ16Z1(简称CQ16Z1)与福菜乳杆菌福菜亚种YM0097(简称Y97)的基因组差异.方法 采用二、三代测序技术对CQ16Z1菌株进行全基因组测序,计算CQ16Z1与Y97菌株的核苷酸一致性和数字DNA-DNA杂交同源性,通过比较基因组学对两株菌的基因组差异进行比较分析.结果 CQ16Z1菌株的基因组大小为2654961 bp,染色体大小为2625188 bp,GC含量为35.75％;有5个质粒环,大小2000～14000 bp.全基因组基因预测结果显示,CQ16Z1菌株共有2744个基因.CQ16Z1与Y97菌株的核苷酸一致性和数字DNA-DNA杂交同源性计算结果分别为99.20％、91.00％.基因组比较分析结果显示,CQ16 Z1与Y97菌株的基因组具有良好的共线性.两株菌的基因组共有基因数量为2177个,而CQ16 Z1菌株具有217个特有基因,Y97菌株为267个.特有基因功能注释结果显示,两株菌在碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、膜转运、磷酸转移酶系统、噬菌体和耐药性相关的基因数量及种类差异较大.结论 CQ16Z1、Y97两株菌同属福菜乳杆菌,近缘菌株遗传特征存在一定差异,其差异可能会影响该菌株表型,为福菜乳杆菌的应用研究奠定遗传学基础.
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