目的了解江西省2007年-2009年分离的甲1亚型流感病毒株HA1基因变异特征及规律,分析WHO2007年-2009年甲1亚型疫苗推荐株对江西省甲1亚型流感的预防效果。方法采集流感监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲1亚型流感病毒进行核酸的提取,采用RT-PCR方法扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar、Mage软件对测序结果进行分析处理,并与WHO 2007年-2009年北半球推荐疫苗株进行比对。结果测得15株甲1亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,未发现核苷酸的丢失和插入。2007年与2008年本省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株,在HA1区域的氨基酸存在较大差异;而2009年本省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间差异则较小。结论 2007与2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度本省的甲1亚型流感的预防效果不够理想;而2009年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度本省的甲1亚型流感的预防具有一定的效果。