【摘 要】
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Binding and re-leasing ligands are critical for the bi-ological functions of many proteins,so it is impor-tant to determine these highly dy-namic processes.Alth
【机 构】
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National Science Center for Physical Sciences at the Microscale,Division of Life Sciences and Medici
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Binding and re-leasing ligands are critical for the bi-ological functions of many proteins,so it is impor-tant to determine these highly dy-namic processes.Although there are experimental techniques to determine the structure of a protein-ligand complex,it only provides a static picture of the system.With the rapid increase of computing power and improved algorithms,molecular dynamics(MD)simulations have diverse of superiority in probing the binding and release process.However,it remains a great challenge to overcome the time and length scales when the system becomes large.This work presents an enhanced sampling tool for ligand binding and release,which is based on iterative multiple independent MD simulations guided by contacts formed between the ligand and the protein.From the simulation results on adenylate kinase,we observe the process of ligand binding and release while the conventional MD simulations at the same time scale cannot.
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