欧洲中世纪的特殊社会环境造就了中世纪知识分子的特殊形态：虽然依附于教会，但他们却仿照城市手工业者所建立的行会，组成了学者的行会即大学，来争取身份的独立和思想的自由。也就是说，尽管具有教士的身份，但作为学术组织的成员以及具备理性批判的精神，使他们无愧于知识分子的称号。中世纪的知识分子不仅创建了经院哲学，也创建了教育和学术机构——大学。大学这种组织形式是他们从无到有、自发创造出来的，是他们留给后世最伟大的遗产。
　　大学由中世纪知识分子创建
　　在诸侯割据、教会一统天下的时代，流动的求知人群汇聚在城市，为了自我防卫与自我管理，他们仿照城市居民按照职业建立行会的方式，也建立了教师和学生的行会。也就是说，为了保障学术研究和知识传授的自由和权利，他们组织起来，安排教学、组织管理、发放学位、互助互卫，并在与市民、城市当局和教会等力量的冲突中，通过罢课、迁徙等手段，赢得教皇和国王的支持，获得自治和特权，大学由此而产生。其中，波隆那大学和巴黎大学是中世纪最为典型的两所大学。
　　相比较巴黎大学，波隆那大学的世俗色彩更为浓厚，它是一所学生大学。早在9世纪至11世纪，意大利北部的一些城市就有一些法学教师在讲授法学知识。其中，波隆那因地处意大利北部交通的十字路口，而成为法学研究和教育最著名的城市。这里拥有著名的法学学者和法律学校，吸引着欧洲各地的学子到此求学。这些学生大部分是外国人，没有市民权，因而时常遭受到各种歧视性对待。为了保护自己的权利，学生们成立了行会，以自卫和互助。学生普遍年纪较大，以及他们具有的法学背景，有助于他们建立并管理自己的组织，并使教师成为大学的雇员，由学生行会为教师支付薪水，管理教学活动，并处罚那些玩忽职守或教学效果不佳的教师。
　　巴黎大学则更具教会色彩，它不仅由教会权力机构进行督导，并且还几乎完全将学者身份等同于教士神职，它也是经院哲学的大本营，还是一所教师大学。巴黎大学与巴黎圣母院主教座堂学校存在着渊源关系。由于巴黎是加佩王朝的首都，以及阿伯拉尔等著名教师的感召力，巴黎汇聚了许多求知的学生。主教座堂学校和修道院学校无法满足越来越多的学生，于是一些教师在这些教会学校以外传道授业。为了从巴黎主教及其代理人的控制中获得独立，教师们组成了行会，来保障自己的利益。在斗争中，大学获得了教皇的支持，掌握了发放学位证书的主动权。与波隆那大学由学生主导不同，巴黎的教师主要是外乡人，而且学生普遍年纪较小，巴黎大学的管理权掌握在教师手里，由教师行会组织教学，颁发学位证书，决定学校重大事务。此外，巴黎大学具有完整的四学部：即艺学部、法学部、医学部和神学部，是一所“整全的大学”，巴黎大学还最早发展出了学院制度，因而成为“大学之母”，是欧洲中世纪大学的典范。
　　大学是由中世纪知识分子创建的。概括起来，欧洲中世纪的大学是一种学者们的行会，它致力于知识的传播，包括不同种族和国籍的学生，这个团体在教会或国家之外享受着一定的自治，自己管理自己的内部事务。来自欧洲各处的大量教师与学生，使得大学越来越具有国际性。
　　知识分子活动的主要场所
　　大学创建后，也成为知识分子活动的主要场所。这是因为，知识分子的存在，需要一定的制度化环境。在中世纪，大学就是知识分子生存的最适宜的环境。
　　第一，大学保护知识分子免受外在力量的侵害，使他们保持一定的独立与自由，为他们提供合法的社会身份。大学兴起后，随着影响力的扩大，大学成为教会、王权之外的第三方力量。大学的自治和特权使大学能够保护知识分子免受市民、城市当局和教会的侵犯。
　　第二，大学还使知识分子成为城市社会分工中依靠教学活动为生的人，从而有别于靠乞讨为生的修士和依赖教会俸禄为生的神职人员，尽管他们还未完全脱去教士的外衣。身份的独立是思想自由的保障，大学保障着知识分子教学、讨论和研究的自由，在学术研究中知识得以积累，学术规范得以形成。
　　第三，知识分子需要经常与自己的听众交流，和自己的同行维持交往，而大学中教师和学生角色的分化，以及教学活动的进行，为知识分子提供了听众和同行，提供了知识人角色形成所必需的社会圈子。在这个社会圈子中，中世纪知识分子及其学术活动最终获得支持与认可，并创造了学术思想的辉煌时代。
　　第四，虽然大学中存在着教授、助教、学生的等级，然而只要愿意努力并遵守规则就能改变自己的地位。这种基于自致地位而非先赋地位的制度设置激励着知识分子的学术雄心，因而中世纪最伟大的知识分子都是大学成员。