研究柑桔黄龙病的困难，在于它的病原无法人工培养。因此，长期以来对黄龙病的诊断，主要依据典型的黄梢和叶片斑驳症状。在柑桔园管理不良，缺乏营养或其它病虫混合为害时，便难依据症状作出正确的诊断。这是造成对黄龙病认识上种种混淆的主要原因。７０年代应用电镜观察到黄龙病病原（ＢＬＯ）之后，电镜便成为诊断黄龙病的重要手段。但因病原在病树体内的浓度较低，分布又不均匀，致电镜的检出率偏低。８０年代，应用兔丝子将黄龙病ＢＬＯ转到长春花上增殖、提纯，作为抗原，制备了多抗和单抗的血清，由于多抗血清的效价很低和单抗血清的专化性太狭，均难用于诊断。最近，在病原ＤＮＡ序列测定的基础上，合成了引物Ｐ１及Ｐ２，并在引物Ｐ１及Ｐ２之间合成另一段ＤＮＡ片段Ｐ３作为探针。使ＰＣＲ（多聚酶链式反应）及Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交技术可能用于黄龙病的诊断。研究结果证明ＰＣＲ技术比其他方法具有更大优点，能快速而准确地检测出病原；而Ｑ－ＰＣＲ（竞争性定量多聚酶链式反应）方法则能测定病原在不同样品中的含量，进行定量分析。