【摘 要】
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试验利用生物信息学方法挖掘牛肌内脂肪差异表达基因(DEGs),从基因表达综合数据库(GEO)下载牛肌内脂肪和皮下脂肪基因芯片数据集,初步筛选获得DEGs.采用稳健排序整合算法(RRA
【机 构】
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延边大学农学院,吉林延边133000;延边大学农学院,吉林延边133000;东北寒区肉牛科技创新教育部工程研究中心,吉林延边133000
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试验利用生物信息学方法挖掘牛肌内脂肪差异表达基因(DEGs),从基因表达综合数据库(GEO)下载牛肌内脂肪和皮下脂肪基因芯片数据集,初步筛选获得DEGs.采用稳健排序整合算法(RRA)分析,获得稳健DEGs.对稳健DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释.联合String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI)筛选核心基因.结果显示,从GSE 136981和GSE 39006两套数据集的3个分组中共分析获得18个稳健DEGs,其中17个基因显著上调,1个基因显著下调.上调基因显著富集到14个KEGG通路和9个GO条目,PPI网络中MYOZ1、ACTN3和MYOT1等10个基因被筛选为关键基因.研究表明,MYOZl、ACTN3和MYOT等10个稳健DEGs可能参与调控牛肌内脂肪的形成.
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