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本文从研发投入结构调整视角探讨实现高质量创新的有效途径,从理论上分析不同研发投入对高质量创新产出的作用以及政府支持和市场化的调节机理,运用中国省级区域国际“专利合作条约”(PCT)的申请数据,从经费和人员两个层面实证检验了研发投入结构对高质量创新的影响.研究发现:①基础研究和应用研究均显著促进中国地区高质量创新,而试验发展没有发挥作用;②政府支持基础研究显著扩大其对高质量创新的促进效应,而政府支持应用研究和试验发展发挥的作用十分有限;③市场化水平较高的地区,基础研究对高质量创新产出的促进效应更大,而应用研究和试验发展仍没有显著影响.因而,为实现中国高质量创新有必要加大基础研究投入,注重发挥有为政府与有效市场的协同效应.