基于R的食管癌预后独立危险因素分析和列线图建立

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  摘要:目的:预测食管癌的预后独立危险因素,建立食管癌患者的列线图。方法:在SEER数据库中筛选符合条件的食管癌患者数据,调用rms包中的cph()函数,获得预后独立危险因素;根据纳入的各种因素,通过调用nomogramEx包中的nomogram()函数建立食管癌患者列线图。结果:共纳入2010年至2016年期间的6847例食管癌患者,根据Cox回归分析发现,放疗是食管癌患者预后的独立危险因素。通过列线图可以获得食管癌患者的个体化的生存概率。结论:在R中可以简单快捷的实现食管癌患者的预后独立危险因素的分析和列线图的建立,为不同食管癌患者提供合适的治疗方式。
  关键词:R;食管癌;预后;危险因素;列线图
  Abstract: Objective:To predict the independent risk factors for the prognosis of esophageal cancer, and to establish the nomogram of patients with esophageal cancer.Methods:The data of patients with esophageal cancer were screened in SEER database, and the independent prognostic risk factors were obtained by calling the cph() function in RMS package; according to the included factors, nomograms of patients with esophageal cancer were established by calling the nomograms() function in nomogramex package.Results:A total of 6847 patients with esophageal cancer from 2010 to 2016 were included. According to Cox regression analysis, radiotherapy was an independent risk factor for the prognosis of patients with esophageal cancer. The individual survival probability of patients with esophageal cancer can be obtained by nomogram.Conclusion:In R, we can analyze the independent prognostic risk factors and establish nomogram of patients with esophageal cancer, and provide appropriate treatment for different patients with esophageal cancer.
  Key words: R; esophageal cancer; prognosis; risk factors; nomogram
  食管癌是一種预后较差的恶性肿瘤,在全球范围内,食管癌的发病率位于恶性肿瘤的第六位,死亡率位于恶性肿瘤第八位[1]。虽然在过去的40年内食管癌的5年期生存率从5%提到了19%[2],但食管癌的整体预后仍然较差,且治疗后的并发症发病率较高[3]。首先,食管癌的发病因素很多,年龄、性别、种族、饮食习惯、生活环境等均对其有影响[4]。其次,疗效不是很理想,现有的治疗方式很多,有外科手术、放疗、化疗、辅助治疗以及以手术为主的综合治疗等方式,由于肿瘤的大小、位置以及患者自身的条件各不相同,采用的治疗方式也不尽相同,治疗的结果也不理想[5]。
  由美国癌症联合委员会与国际抗癌联盟制定的TNM分期系统[[6],是目前全球应用最广的肿瘤分期标准,目的在于了解患者所处的病程,根据病程来制定治疗方案、判断患者的预后和疗效。TNM分期系统最新版本是由国际抗癌联盟(UICC)和美国癌症联合会(AJCC)于2015年联合发布的第8版[6],由于本研究的数据取得时间是2010至2016年,因此仍采用2009年的第7版[7],具体的TNM分期详情见表1。
  1 资料与方法
  1.1 资料来源
  SEER(surveillance,epidemiology and end results;监测,流行病学和最终结果)数据库建立于1973年,由美国国家癌症研究所(NCI)资助[8]。用于记录患者的人口学(种族、性别、年龄、婚姻状态)、肿瘤(病理类型、分化程度、组织学类型)、病理、治疗方式(手术、放疗、化疗等)和预后(总体生存率、疾病特定死亡率、死亡原因)等信息。
  1.2 数据的纳入与排除标准
  本研究的数据纳入标准:(1)患者年龄在18岁至80岁;(2)患者确诊时间在2010年至2016年期间;(3)患者发病为食管癌且为单原发癌。
  本研究的排出标准:(1)种族中变量是Unknown的;(2)性别中有Unknown的;(3)病例组织学中分级为Unknown的;(4)发病部位不是胸段的(胸段部位:C15.3-Upper third of esophagus,C15.4-Middle third of esophagus,C15.5-Lower third of esophagus);(5)手术中编号为99的;(6)生存时间为Unknown和0的;(7)婚姻状态为Unknown的;(8)AJCC TNM分期中不是T1(T1,T1a,T1b,T1NOS)、T2、T3和T4(T4,T4a,T4b)期的;(9)区域淋巴结是NX、NA和Blank(s);(10)远处转移状态为NA和Blank(s);(11)放疗是None/Unknown和(Recommended, unknown if administered)的。   1.3 危险因素的分类和选择
  按照SEER数据库的记录,种族分为:白种人(White)、黑种人(Black)和其他(Other(American Indian/AK Native, Asian/Pacific Islander));性别分为男(Male)和女(Female);婚姻状态分为已婚(Married(including common law))和单身(Single(never married),Divorced,Widowed,Separated,Unmarried or Domestic Partner)。在肿瘤方面,本研究采用的是AJCC第7版TNM分期,N分期分为N0、N1、N2和N3。M分期分为MO和M1。病理组织学等级分3级,分为高分化(Well differentiated; Grade I)、中分化(Moderately differentiated; Grade II)、低分化(Poorly differentiated; Grade III和Undifferentiated; anaplastic; Grade IV)。原发部位分为食管上1/3(C15.3-Upper third of esophagus)、中1/3(C15.4-Middle third of esophagus)和下1/3(C15.5-Lower third of esophagus)。病理类型分为鳞癌(8000-8046,8051-8131,8148-8157,8230-8249,8508,8510-8513,8560-8570,8575,8950,8980-8981)、腺癌(8050,8140-8147,8160-8162,8170-8175,8180-8221,8250-8507,8514-8551,8571-8574,8576,8940-8941,8576,8940-8941)和其他(8936)。根据手术与否将患者分为手术组和非手术组。
  1.4 统计学方法
  采用R语言进行统计学分析,分类资料使用中位数和百分位数表示,使用Cox回归分析胸段食管癌患者预后的独立危险因素[9],P
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