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日本从1962年起实施指定渔业制度，迄今为止实施了50年。指定渔业，即通过政令所指的渔业，必需要取得日本农林水产大臣的许可方能作业，也是日本最为重要的渔业。目前，日本的指定渔业共有以下9种：近海底拖渔业，以西底拖网渔业（在日本以西东海水域作业），远洋底拖网渔业，大中型围网渔业（包括在日本近海作业的围网船和在中西太平洋作业的大型金枪鱼围网船），远洋鲣鱼、金枪鱼渔业（包括远洋鲣鱼竿钓和金枪鱼延绳钓），近海鲣鱼、金枪鱼渔业（包括鲣鱼竿钓和金枪鱼延绳钓），西北太平洋秋刀鱼渔业，日本海鳕蟹渔业，鱿钓渔业。