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2005年5月至2006年4月对苏州河上海段进行了逐月的水生生物多样性调查和水质监测。全年共记录了145种周丛藻类，隶属4门47属，其中硅藻门占64．1％；共166种浮游藻类，隶属6门，其中绿藻门占优势；共56种浮游动物，其中轮虫类22种，枝角类18种，桡足类12种，原生动物4种。底栖动物共采集到9种，其中寡毛类3种，软体动物5种，水生昆虫1种，耐污物种霍甫水丝蚓（Limnodrilus hoff meisteri）的优势度常年占底栖动物群落的90％左右，这与苏州河（尤其是下游）的极低溶解氧水平是一致的。