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转录组学从整体水平系统研究转录过程,其发展离不开深度测序技术的不断进步。近年来,以单分子、长读长为特征的第三代测序技术,为从全长转录本水平研究转录组提供了机遇。本文就第三代测序技术在基因结构注释、RNA可变调控事件的鉴定及其组合搭配规律、以及候选基因结构与功能研究中的应用进行综述,并对其在全长转录本水平的定量转录组学研究、RNA修饰研究以及单细胞研究领域的应用前景进行展望。