目的描述江苏省2009—2014年5岁以下儿童手足口病的流行病学和病原学特征,为手足口病的防制提供科学依据。方法采用现况研究的方法,对江苏省2009—2014年5岁以下儿童手足口病发病情况进行统计和分析,对部分手足口病例采用荧光定量RT-PCR法进行肠道病毒核酸检测。结果江苏省2009—2014年5岁以下儿童手足口病平均发病率为2 503.77/10万,2012年和2014年呈现发病高峰,各年份的4—7月为发病的主高峰,11—12月为次高峰;发病率依次为苏南地区(2 711.9/10万~7 592.2/10万)高于苏中地区(1 995.0/10万~6 105.1/10万)高于苏北地区(788.2/10万~1 823.8/10万);各年龄组男童手足口病发病率均高于女童(P值均<0.01);2岁组的发病率最高,其次为3岁组和1岁组,重症病例中男童多于女童,3岁及以下儿童占重症病例总数的比例为79.28%~84.14%;散居儿童普通和重症发病率均高于幼托儿童。普通病例中,EV71感染阳性占37.77%,Cox A16阳性占35.32%;而重症病例中EV71感染阳性占79.83%,Cox A16阳性占6.52%。结论江苏省5岁以下儿童手足口病流行具有明显的季节性、地区性和易感人群分布特征,普通病例流行的病原体主要为EV71和Cox A16,且不同年份间流行优势株有所差别。