基于TCGA SpliceSeq数据库可变剪接事件构建结肠癌患者预后风险模型

来源 :检验医学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：A491858248

【摘要】

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目的通过全基因组分析构建预后风险模型,预测结肠癌(COAD)患者预后。方法从癌症基因组计划(TCGA)数据库中下载COAD患者RNA-seq数据和临床信息;从TCGA SpliceSeq数据库下载7种

【作者】

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雷鸣郭萌月王若颖倪小梅石琼

【机构】

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云南省肿瘤医院昆明医科大学第三附属医院云南省癌症中心

【出处】

：

检验医学

【发表日期】

：

2021年1期

【关键词】

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结肠癌可变剪接事件剪接因子预后 Colon adenocarcinoma Alternative splicing event Splicing fact

【基金项目】

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国家自然科学基金(81760426),云南省基础研究基金[2018FE001(-314)],云南省教育厅科学基金(2019J1276)

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目的通过全基因组分析构建预后风险模型,预测结肠癌(COAD)患者预后。方法从癌症基因组计划(TCGA)数据库中下载COAD患者RNA-seq数据和临床信息;从TCGA SpliceSeq数据库下载7种类型的可变剪接事件;剪接因子(SF)数据从SpliceAid 2数据库中下载。用单因素Cox回归分析确定预后相关可变剪接事件(PASE),采用Lasso回归分析筛选变量,多因素Cox回归分析用于计算风险值并构建风险模型。用Cytoscape Reactome FI插件构建互作网络,寻找核心节点;用基因本体(G

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